ผมก็เคยเจอปัญหานี้เช่นกันครับ
สาเหตุ (ปัญหานี้ผมเจอกับตัวเลยครับทั้งเว็บส่วนตัวและที่ออฟฟิศ เท่าที่ research และ monitoring ระหว่าง developer & network admin)
พบว่าเกิดจากเจ้าโทรจันที่อยู่ในเครื่องของคุณครับ เจ้าโทรจันตัวนี้ อยู่ในตระกูล trojan.iframe.xxx ซึ่ง xxx นี่
ก็มีอีกหลากหลายตัว หลักการโจมตีคือ เมื่อคุณเปิดเว็บไซต์บางเว็บ อาจจะมีการโหลดสคริปต์บางตัว ซึ่งเป็นการดาวน์โหลด
โทรจันประเภทนี้ เข้ามาเก็บในเครื่องคุณ หลังจากนั้น โทรจันจะเปิดช่องใน สคริปต์หรือไวรัสหรือวอร์ม เข้ามาในเครื่องของคุณ
เจ้าตัวสคริปต์ ตัวนี้แหละที่ทำให้เว็บคุณเจ๊ง โดยตัวมันจะคอยจับข้อมูล FTP หรือโปรแกรมที่ทำงานบนพอร์ต 21
ในเครื่องของคุณ แล้วตัวมันจะทำการส่งคอมมานต์บางอย่าง เพื่อล็อกอินด้วย FTP account ไปยังเว็บโฮสติ้งของคุณ
ถึงตอนนี้เว็บโฮสติ้งของคุณ ก็จะเริ่มโดนลวนลามแล้วคับ ขั้นตอนการทำงานต่อไปของเจ้าสคริปต์ตัวนี้คือ มันจะวิ่ง
ไปยังทุกโฟลเดอร์ภายใต้เว็บโฮสติ้ง เช่นภายใต้ folder public_html ในขณะที่มันลูปทุกโฟลเดอร์อยู่ มันจะรันคอมมานต์
ตัวหนึ่งกับไฟล์ default ของแต่ละโฟลเดอร์เช่น ไฟล์ index.htm, index.html, index.php คอมมานต์ที่มันทำคือ
การ append หรือ replace สคริปต์ ของไฟล์เหล่านี้ด้วย แท็ก iframe ของมัน โดยสคริปต์ทุกสเต็ปที่มันทำมันจะเป็น automation
ทั้งหมด ครับสิ่งที่มันจะได้คือ backlink จำนวนมหาศาล... โดยสามารถเอาไปทำอย่างอื่นได้เยอะแยะ
วิธีแก้ไขวิธีแก้ไข ก็ลำบากน่ะ วิธีแก้ไขผมคือ ไล่ลบ iframe สคริปต์ ที่แป้ะบน index ไฟล์ทุกโฟลเดอร์เลย 555 งานนี้ใช้แรงดีกว่าใช้สมอง
วิธีป้องกันตรงนี้น่าสนใจน่ะ เพราะถ้าเราป้องกันไม่ให้เจ้าโทรจันตัวนี้เข้าเครื่องเราได้ ก็จะไปมีปัญหาครับ
1. ผมของแนะนำ antivirus ตัวหนึึ่ง ของเยอรมัน คือเจ้า avira ครับ ตัวนี้สามารถรับมือกับโทรจันนี้ได้
สามารถดาวน์โหลดได้ฟรี ที่
http://www.free-av.de/en/trial..._personal__free_antivirus.html 
2. ในส่วนของ FTP client หรือโปรแกรมสำหรับ FTP ตอนที่โดนเล่น ผมใช้ CuteFTP ซึ่งเมื่อเราสร้าง account
มันจะเก็บค่าต่าง ๆ ไว้ในไฟล์ ซึ่งไม่ได้เข้ารหัสครับ ครับตรงนี้คือช่องโหว่ รูเบ้อเร้อเลย ผมเลยหันมาใช้ winscp ครับ ตัวนี้ของเค้าดีครับ
ทั้งลักษณะการเก็บข้อมูลคอนข้างปลอดภัยมาก และยังสามารถทำงานบน portable app ได้ โดยโหลดมาใส่ Thumbdrive แล้วก็สามารถรันได้ทุกที่ทุกเวลาเลยครับ ดาวน์โหลดได้ที่
http://winscp.net/download/winscp422.exe 
เท่านี้ทุกอย่างก็โอเคครับ