ลองใช้คำสั่ง nice ช่วยดูครับ มันจะทำให้ script หรือ program ที่ run ใน server กินทรัพยากรน้อยลง หรือ ลดลำดับความสำคัญลงนั่นเองครับ จะได้ปลอดภัย เลข มากๆ ยิ่งมีความสำคัญน้อยครับ เช่น
กรณีที่ host อนุญาติให้รันแบบ shell ได้
nice -n 19 perl abc.pl
หรือใส่ใน perl ก็ตามตัวอย่างใน wiki ครับ
http://en.wikipedia.org/wiki/Nice_(Unix) 
use POSIX ();
POSIX::nice(7); # like the renice shell command; increase niceness level by 7
my $prio = getpriority(0,0); # like the C function
ใน php ผมไม่แน่ใจว่าใช่ตัวนี้หรือเปล่า
http://th.php.net/manual/en/function.proc-nice.php
ลองเล่นดูครับ อาจจะผสมกับการ set_timeout ให้นานขึ้นแต่เราก็ลดลำดับความสำคัญของ script เราลง
อ้อผมลองกับ pair hosting(FreeBSD) มีคำสั่งนี้นะครับแต่ host อื่นผมไม่ทราบครับ