ต้องชี้ชัด ๆ ครับว่า sql ที่ว่า คือ MySQL หรือไม่ เพราะ sql มีหลายยี่ห้อครับ แต่ละยี่ห้อ ก็รันบน platform ต่างกัน
และ ต้องชี้ชัด ๆ ว่า java คือ javascript หรือไม่
ถ้าเป็น javaascript + php + mysql ก็ไม่ต้องทำอะไร
web server ทั่วไปที่เป็น linux ก็ support เรื่องพวกนี้ได้ดีอยู่แล้วครับ
ถ้าจะเอา Javascript ส่งค่าไป MySQL
ต้องใข้าใจก่อนว่า Javascript เป็น Client-Side Script จึงไม่สามารถส่งค่าไปให้ MySQL ได้
จำเป็นต้องมีตัว php ไฟล์หนึ่ง เป็นตัว connect mysql ให้ แล้ว Javascript ก็ call php ไฟล์นั้นอย่าง AJAX ครับ ให้ลองศึกษาเรื่อง AJAX เบื้องต้นได้ที่นี่
http://www.scriptdd.com/webtip/ajax-lesson-1.html 
หรือถ้าขี้เกียจเขียน Javascript ยาว ๆ ก็แนะนำนี่เลยครับ JQUERY
http://jquery.com/ 
พัฒนาเว็บไซต์
