ส่วนตัวผมวางไว้ที่ /public/assets
แบบนี้
/public
/assets
/bower_compoents
/css
/fonts
/images
/js
/scss
ส่วนพวก plugin PHP ถ้ามีใน composer ก็ติดตั้งผ่าน composer มันจะอยู่ที่ /vendor อัตโนมัติ
ถ้าเป็น plugin ที่เขียนเองถ้าไม่ใหญ่มากผมไว้ที่ /app/libraries
/app
/libraries
/nameSpace
/libraryName
/src
/plugin.php
ถ้าใหญ่มาก ๆ หรือไม่ได้มี dependency กับ app หลักใช้ workbench ครับ
ส่วนมาตรฐานจริง ๆ ก็ศึกษาจาก psr ครับ มีตั้งแต่ psr-0 ไปจน psr-4 หรือพวก coding guideline ก็ได้ครับ
http://www.php-fig.org/psr/psr-0/ 
แต่มันไม่ตายตัวขนาดนั้นขึ้งอยู่กับงานของเรามากกว่าครับ
พัฒนาเว็บไซต์
