ผมมีความรู้แค่หางอึ่งนะครับ แต่อยากจะแชร์ความคิดเห็น..
คือ มันจะแยกเป็น 2 ส่วน
- ต้องไปขอ certificated SSL ก่อนครับ.. ลองดูรายละเอียดที่นี่
https://ssl.in.th/tools/about-ssl/ 
- มันจะต้องไปติดต่อกับธนาคารครับ เพื่อขอ API ในส่วนของการติดต่อกับธนาคารมา โดยธนาคารเขาจะให้ Merchant Code, URL ในการติดต่อมาให้เราเพื่อ connect เข้าไปหาระบบของธนาคาร
ปล.ผมออกตัวล้อฟรีไว้ก่อนว่า ไม่รู้เรื่องเท่าไหร่ อาศัยมั่วๆเอา..

แล้วถ้าสมมุติว่าเราโอเค 2 ส่วนนี้แล้ว เรื่องระบบ พวกตะกร้าสินค้า การเช็คเอ้าท์คล้ายๆ
http://www.xn--q3cgdsc6dubb5rdc.com/ 
จะโอเคมั้ยครับ ผมไม่รู้ว่ากาารทำระบบอีคอมเมิร์ชต้องทำออกมาให้มันเทพมากแค่ไหน
ตอนนี้ที่ผมมองว่าที่ยากจริงๆ น่าจะเป็นในส่วนของ การจ่ายผ่าน paypal , paysbuy , การทำตัดบัตรเครดิต นี่ยังไม่รวมการจ่ายผ่านเค้าเตอร์เซอส์วิส (ยังไม่รู้ลูกค้าจะเอาด้วยรึป่าว)
แต่ตอนนี้ก็แอบใจชื้นขึ้นมาหน่อยเท่าที่ลองหาข้อมูลดูยังพอจะมีตัวแทนจัดจำหน่ายการจ่ายเงินทุกทาง (ไม่รู้เรียกถูกมั้ย) เช่น
ของไทยก็ chaiyopay , taradpay , paysbay เองก็มีเหมือนกัน
ต่างประเทศก็ ตัว paypal เลย
แต่ที่กังวนอยู่ตอนนี้ก็เรื่องโค๊ด php สำหรับตัดจ่ายนี่แหละครับ